有人认为：在现代科学时代，哲学已死。而余以为，其实不然，哲学与科学在本质及研究对象上是各不相同的，其功能也是各有所区别的。在当今科学发达昌盛的时代，在科学基本上能够解说大部分自然现象的条件下，此并不是说，哲学就丧失了其功能和作用。例如，在对人生课题上就不是科学所能研究的对象及范围所在。
冯友兰说：“哲学，或最哲学的哲学，不以科学为根据，所以亦不随科学中理论之改变而失其存在之价值。在哲学史中，凡以科学理论为出发点或根据之哲学，皆不久即失其存在之价值。如亚里士多德，如海格尔，如朱熹，其哲学中所谓自然哲学之部分，现在只有历史的兴趣。独其形上学，即哲学中之最哲学的部分，则永久有其存在之价值。其所以如此者，盖其形上学并不以当时之科学的理论为根据，故亦不受科学理论变动之影响也”。这也是说，最哲学的哲学是研究真有的这部分，而不是实有的那部分。如自然是实有的，哲学若去关注它，最终难免要沦为科学的范畴，成了未成熟的科学。可是，在某一尚未为人们所认识的科学领域上，哲学地界入还是十分必要的。因为只有哲学的智慧灵光才能在刹那间发现了这一科学领域的存在，这是人类在智慧地感悟下捕捉和洞察到该事物存在及原理的先机；而科学则在这一先机的基础上才去发展它。因此，从一定意义上说，哲学对科学具有开拓性和揭示性精神。所以，人类文明史上才会有“就西洋历史说，各种科学都是从古人所谓哲学中分出来者”的这一现象。总结地说，哲学既是研究真有的学问，又是对实有的具有开创性揭示的学问；而实有的具体化、完善化和系统化则在于科学方面的事情。
我们怎么能理解我们处于其中的世界呢？宇宙如何运行？什么是实在的本性？所有这一切从何而来？宇宙需要一个造物主吗？霍金认为：“按照传统，这是些哲学要回答的问题，但哲学已死。哲学跟不上科学，特别是物理学现代发展的步伐。在我们探索知识的旅程中，科学家已成为高擎火炬者”。实际上，此乃霍金对哲学与科学本质及研究对象误解下的无知认识。
不管是之前哲学对以上问题的回答（其侧重点往往在于对某一科学领域洞察的先机上），还是到后来在科学上对这些问题研究上的解释和系统化地发展上，它们都从各自不同的角度诠释了世界，此为一方面。另一方面为，哲学与科学的研究对象是各不相同的，哲学是以真有的为研究对象，如“圆”、“方”是真有的而非实有的范畴；而科学则以实有的为研究对象，如自然就是实有的、圆或方中的“桌子”也是实有的等范畴。至于霍金所说的“在我们探索知识的旅程中，科学家已成为高擎火炬者”，实际上，纵然是科学家真的成了高擎火炬者，但是，在余眼光看来，哲学家则为探索知识的启明星一般。火炬者是以近角度（实有的）来给予提供观察（实验）的，启明星则是从远角度（真有的）为人们提供视角的。因而，科学一般总是在哲学的揭示下开展起来和深入系统化研究，并使之成为了科学。因为真有的还包涵着实有的，实有的只是真有的当中的一部分而已。因而，科学在研究精神活动问题时就显得力不从心了。
冯友兰认为：“就西洋历史说，各种科学都是从古人所谓哲学中分出来者。因此有人以为，若现在所谓哲学者，或现在所谓哲学中之某部分，亦充分进步，则亦将成为科学。此即是说：哲学是未成熟的科学，或坏的科学”。科学的一部分来源于哲学的揭示，是建立在对哲学所揭示出来的道理或观点进行详细的和系统化的构建而形成的知识。然，哲学并不等同于科学，更不是如有的人所认为的未成熟的科学，或坏的科学。哲学只是对事物真相的揭示，是揭示真有事物及原理的学问；科学则是研究实有事物并建立系统理论的学问。哲学与科学属于不同功能及性质的两类学问。
哲学是研究真有的事物而非实有的事物的学问和理论，如大、小的石头中的“大”与“小”这两个相对概念是真有的形态，而不是实有的东西，因此，“大”与“小”从我们的实际生活上并不具有实际功用，如大的食品中的“大”就不能吃的，只有“食品”才是实有及实用的，也才可以吃的。而大与小的“石头”则是实有的东西，这才于我们具有实际用处的东西。又，在人生事务的问题上，人生所依赖的食品、衣服是实有的，也是实际用处的东西；而人生所面对的真相则是真有的而非实有的，而它却又是没有实际用处的存在。尽管如此，我们在实际生活中所运用的石头却存在着大与小之区别需要，我们不可能在一个狭小的地方里面动用一块连放摆都容纳不下的大石头的，这是常识，也是事实（真有的状况）。然而，我们却又可以根据自己的实际需要来确定使用石头的大小。从这一方面来说，这一真有的形态对我们却是有的。否则，我们就会对自己实际需要的石头就变成无法选择和对石头无法加以利用，这是人对“大”与“小”知识方面地运用。如制作出一件与自己身体大小不相符的衣服，就会使原来有用的东西变成了无用处的存在。而这个大小是真有的，它虽然不具有实有用处，但是，大与小的概念则能够在大脑思维中给予设计、规范与模拟，对我们的现实生活具有指导作用，这又是有用的所在。对于人生真相来说，它实际上就是人一生所经历的体验及灵魂境界的提升。这是真有的，虽然它不象食品给予人解决饥饿等实际性用处，但是，它却能够使人生不迷惑，修正思想认识，避免行为错误，减少人生痛苦，保持乐观精神以及提供处置问题方法等诸多方面具有作用，更重要的还在于灵魂境界的提升上——获得了智慧。
是故，冯友兰才这样认为：“就一方面说。哲学所以不切合实际者，因其本不注重讲实际也。其所以不合实用，因其所讲之真际，本非我们所能用也……哲学对于其所讲之真际，不用之而只观之。就其只观而不用说，哲学可以说是无用。如其有用，亦是无用之用……就一方面说，以心静观真际，可使我们对于真际，有一番理智的，同情的了解。对于真际之理智的了解，可以作为讲人道之根据。对于真际之同情的了解，可以作为入圣域之门路。就此方面说，哲学又有大用”。因此，哲学于表面上是无用的，然而，它却又是对人生非常有用的学问，是人类运用智慧在现实生活和人生道路上创造幸福和获得幸福的基础。人类文明的不断进步与发展同样亦出于和基于人爱智慧这一特性基础之上获得的。
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