我们在理解物理学和化学的几个基本物质概念时，经常会被这几个概念的内涵所混洧，如将原子误会元素，又把元素当成了分子等混乱观念。因此，辨识和区分这几个概念是非常有必要的；并借此才可以彻底了解它们之间的关系。
原子是指物质中具有最小功能的单元，由原子核（质子与中子组成）及电子共同构成。元素则是指将同一类原子汇聚起来的统称。“元素是具有相同核电荷数的同一类原子的总称”。分子是由二个以上的原子构成来作为物体中的最小单位——质料。“分子是保持物体化学性质的最小微粒”；当二个以上的原子共享其表层上的电子时便形成了分子。夸克是宇宙间所有物质的本原和基础——不能再被细化的最小的物质基本单位，是构成质子与中子及产生电子的基础。
阿伏伽德罗认为：“原子是参加化学反应的最小质点，分子则是在游离状态下单质或化合物能够独立存在的最小质点。分子是由原子构成的，单质分子由相同元素的原子构成，化合物分子由不同元素的原子构成。化学反应的实质就是不同物质的分子中各种原子进行重新结合。”
通过以上几个物理和化学基本概念的诠释与了解，我们现在便清楚的知道了原子、分子与元素的区别和关系。即分子是由原子构成的物体基础单位——质料，元素只是一个对同类原子的统称；而原子既是构成分子的单元，又是元素统称中的单元。分子是同类或不同类的二个或多个原子的结合物，元素只是对同类原子的一个名称。当我们将融合了同类的多个原子的现象称为分子，这个单质分子又是可以称为某一元素；而由不同原子构成的分子——化合物分子则不能。因为元素是同一类原子的统称。当某一个原子不与其它原子结合时，我们也可以称该原子为某一元素。但是，原子与元素依旧是有区别的，即某原子是由规定了几个的质子与中子及电子所构成的单元，而某一元素则只是对某类原子的不论数量多少的单元统称。
但是，其根本区别却是：原子与分子是不同物质单元中的实体，而元素只是同类原子或单质分子的一个称谓。
这样，在称谓上，原子既是以元素来作为其名称，元素又可以成为单质分子的别称；但一般仍是对某同类原子的指称。如水分子是由一个氧原子（元素）和两个氢原子（元素）组成。我们既可以称氧或氢是一种原子，也可以称其为一种元素。水就是众多水分子（质料）聚集在一块的物质（或称物体）。氧原子的原子核有8个带正电的质子，核外有两个电子层，K层有2个电子，L层有6个电子。氢的原子核由一个质子或0至2个中子及核外的一个电子所构成。可见，在质子、中子及正负电子层面上是没有任何区别的，只有到达了原子层面上才开始出现了差异，分化出诸多不同的原子来；而不同的分子又是建立在不同原子结构基础上的物质单位。因而，我们便有了诸多种元素来区别，我们的宇宙才呈现出多姿多彩。
质子是由两个+2/3电荷的上夸克和一个-1/3电荷的下夸克通过胶子在强相互作用下构成，带正电荷。中子包含两个具有-1/3电荷的下夸克和一个具有+2/3电荷的上夸克构成，其总电荷为零（不带电荷）。在夸克这一物质最小单位的层面上则因其电荷的差异出现了正负电的夸克（即上、下夸克）。宇宙万物起始于夸克这一本原，在依据精神的旨意之下设定了质子、中子、电子等，质子、中子、电子等进一步合成并转化为巨型能量场，在能量场中按照不同的规定被合成了不同的原子、分子、物体……等，万物皆是能量场按照设计的规定之产物。物理乃精神预先设定的物之原理和法则，并以化合作规则为其内在促生变化之中介。
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